夫婦関係がもつれ、婚姻生活を解消するかそれとも継続するのか人生を左右する重大な決断について感情的になること避け、じっくりと考えるための冷却期間として別居は意義があるものと思います。
別居が即離婚と考えるのではなく、今後の夫婦関係を継続させるか、それとも離婚するのか冷静に考える貴重な時間と捉えるべきです。
なかなか難しいことではありますが、別居する際にはその理由を配偶者に知らせる必要があります。
なお、相手に離婚のための別居と告げると話がこじれてしまい、離婚協議が長期化してしまうこともありますので、なるべく離婚という言葉は出さず、結婚生活を継続させるための冷却期間であることを主張したほうが良いと思われます。
さらに、離婚のためであると主張してしまうと、「すでに夫婦関係は破綻しているものとみなされ、もし別居中に配偶者が浮気しても、不貞行為を理由に離婚請求できなくなる可能性があります。」
一家の収入を担っている配偶者が別居して生活費を一切渡さないというような場合には、法定離婚事由の悪意の遺棄にあたりますし、正当な理由もなく勝手に家を出たり、無理やり相手を追い出したり、相手からの再三にわたる復縁・同居の要求を拒否し続けた場合にも悪意の遺棄に該当しますので注意が必要です。
相手が冷静な話し合いに応じず、暴力をふるう場合には緊急避難的に別居することをお勧めします。
別居理由を手紙や電話で伝えても構いませんが、手紙の内容によっては離婚調停や裁判で不利になることもありますので注意してください。
なるべく2人きりでの話し合いは避け、弁護士などに今後の交渉を依頼したほうが良いと思われます。